관계부처합동, ’26.5.9. 기한은 유지하되, 토지거래허가 심사절차에 따른 국민 불편 해소를 위해 토지거래허가 신청분까지 양도소득세 중과 배제 적용

[도시경제채널 = 김학영 기자] 정부가 다주택자에 대한 양도소득세 중과 유예를 예정대로 오는 2026년 5월 9일 종료하면서도, 토지거래허가 절차로 인한 혼선을 줄이기 위한 보완책을 마련했다.

기획재정부와 국토교통부 등 관계부처는 다주택자가 매도 의사를 갖고 있음에도 토지거래허가 심사 지연으로 불이익을 받는 사례를 방지하기 위해, 기존 ‘매매계약 체결분’뿐 아니라 ‘토지거래허가 신청분’까지 양도세 중과 대상에서 제외하는 방안을 추진한다고 9일 밝혔다.

최근 토지거래허가 신청 건수가 증가하고, 지역별 허가 처리 속도에 차이가 발생하면서 매매 일정에 대한 불확실성이 커지고 있는 상황에서 특히 시·군·구청의 허가 심사 기간이 최대 15영업일에 달해, 4월 중순 이후 신청 건은 5월 초까지 결과를 장담하기 어려운 상황이다.

이에 따라 정부는 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 신청한 경우 일정 요건을 충족하면 양도세 중과를 적용하지 않기로 했으며, 구체적으로는 허가를 받은 뒤 매매계약을 체결하고, 기존 조정대상지역 주택은 계약일로부터 4개월 이내(2026년 9월 9일까지), 신규 지정된 조정대상지역 주택은 6개월 이내(2026년 11월 9일까지) 양도해야 한다.

또한 토지거래허가구역에서 임대 중인 주택을 무주택자에게 매도하는 경우에는, 동일 기한 내 허가를 신청하면 매수자의 실거주 의무와 주택담보대출 시 전입신고 의무도 한시적으로 유예된다.

정부는 이번 보완책을 반영한 ‘소득세법 시행령’과 ‘부동산거래신고법 시행령’ 개정안을 4월 10일부터 17일까지 입법예고할 예정이며, 국무회의 심의를 거쳐 이달 내 공포·시행하는 것을 목표로 하고 있다.

정부 관계자는 “시장 참여자들이 행정 절차로 인해 불필요한 불확실성을 겪지 않도록 제도를 보완했다”며 “매도 기회를 최대한 보장하는 데 중점을 뒀다”고 설명했다.

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